Stage Master
Responsable de l'équipe d'accueil
Journot
Laurent
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0434359241
Personne encadrant le stage
Rialle
Stéphanie
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0434359239
Lieu du stage
plateforme Montpellier GenomiX, Montpellier
Sujet du stage
Mise en place d'un pipeline d'analyse de données smallRNA-Seq
Nous proposons un stage de 5-6 mois sur la plateforme de séquençage Montpellier GenomiX (MGX) pour un étudiant de master 2 en bioinformatique.
La plateforme MGX, située à l’Institut de Génomique Fonctionnelle à Montpellier, propose des prestations de service auprès de chercheurs et d’entreprises de biotechnologie en séquençage à haut-débit, de la construction des banques à l’analyse bioinformatique des données produites. Plusieurs types d’analyse sont actuellement proposés, en fonction de l’application (RNA-seq, ChIP-seq, gDNA-seq, RRBS, ...).
L’objectif du stage est d’aboutir à la mise en place d’un pipeline d’analyse de données smallRNA-seq. Les smallRNA sont de courtes séquences de nucléotides, et comprennent différentes classes de molécules régulatrices, dont les miRNA. L’analyse bioinformatique de ce type de séquences diffère des protocoles utilisés pour le RNA-seq. Par exemple, l’alignement doit être paramétré de manière spécifique afin de s’adapter à la petite taille des séquences et au fait que celles-ci peuvent être répétées dans le génome. Les étapes suivantes incluent l’identification et la quantification des smallRNA.
Le stage se déroulera en deux phases. Dans un premier temps, un état des lieux des outils et méthodes utilisées pour l’analyse de données de smallRNA-seq sera nécessaire afin de pouvoir les recenser et les évaluer. Ensuite, la phase de développement permettra le test des outils et méthodes sélectionnés sur des données réelles, jusqu’à la validation d’un pipeline d’analyse.
Le stage comportera également une formation au contrôle qualité des données NGS de manière générale en suivant les pipelines déjà existants sur la plateforme.
La plateforme comprend 3 ingénieurs en bioinformatique et collabore avec des chercheurs en statistiques et bioinformatique associés à l'équipe de recherche. Le/la stagiaire travaillera sur la plateforme MGX en interaction directe avec les bioinformaticiens et les biologistes de la plateforme.
Compétences attendues :
- Maîtrise de l'environnement Linux
- Connaissances générales en biologie moléculaire et sur le séquençage à haut débit
- Anglais scientifique indispensable
- Langages de programmation : Shell, Perl/Python, R
- Rigueur, capacité d’analyse et de synthèse, sens du travail en équipe
Merci d’envoyer un CV et une lettre de motivation à This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it..
La plateforme MGX, située à l’Institut de Génomique Fonctionnelle à Montpellier, propose des prestations de service auprès de chercheurs et d’entreprises de biotechnologie en séquençage à haut-débit, de la construction des banques à l’analyse bioinformatique des données produites. Plusieurs types d’analyse sont actuellement proposés, en fonction de l’application (RNA-seq, ChIP-seq, gDNA-seq, RRBS, ...).
L’objectif du stage est d’aboutir à la mise en place d’un pipeline d’analyse de données smallRNA-seq. Les smallRNA sont de courtes séquences de nucléotides, et comprennent différentes classes de molécules régulatrices, dont les miRNA. L’analyse bioinformatique de ce type de séquences diffère des protocoles utilisés pour le RNA-seq. Par exemple, l’alignement doit être paramétré de manière spécifique afin de s’adapter à la petite taille des séquences et au fait que celles-ci peuvent être répétées dans le génome. Les étapes suivantes incluent l’identification et la quantification des smallRNA.
Le stage se déroulera en deux phases. Dans un premier temps, un état des lieux des outils et méthodes utilisées pour l’analyse de données de smallRNA-seq sera nécessaire afin de pouvoir les recenser et les évaluer. Ensuite, la phase de développement permettra le test des outils et méthodes sélectionnés sur des données réelles, jusqu’à la validation d’un pipeline d’analyse.
Le stage comportera également une formation au contrôle qualité des données NGS de manière générale en suivant les pipelines déjà existants sur la plateforme.
La plateforme comprend 3 ingénieurs en bioinformatique et collabore avec des chercheurs en statistiques et bioinformatique associés à l'équipe de recherche. Le/la stagiaire travaillera sur la plateforme MGX en interaction directe avec les bioinformaticiens et les biologistes de la plateforme.
Compétences attendues :
- Maîtrise de l'environnement Linux
- Connaissances générales en biologie moléculaire et sur le séquençage à haut débit
- Anglais scientifique indispensable
- Langages de programmation : Shell, Perl/Python, R
- Rigueur, capacité d’analyse et de synthèse, sens du travail en équipe
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