Stage Master

Sujet :
Analyse Bio-informatique des mutations ponctuelles (SNP) chez des espèces fongiques d’intérêt agronomique. Le stagiaire aura en charge le test des différentes approches possibles (comparaison d’outils de mapping, de SNP caller…) et la bioanalyse des données générées.
Cadre du projet :
Le stage de type Master 2 (6 mois) se déroulera au sein du département Biochimie et Biotechnologies de Bayer CropScience à Lyon. Les études entreprises se feront en étroite collaboration avec l’équipe de Bioinformatique sur place, avec les équipes en Allemagne, ainsi qu’avec les chercheurs des différentes équipes impliquées dans ce projet.
Principales compétences Bioinformatique à mettre en œuvre :
- Utilisation de logiciel d’analyse de données de séquençage à haut débit (NGS).
- Notion de programmation informatique (R / Python / Perl).
- Notion de gestion de base de données.
- Utilisation de logiciels d’annotation de génome.
- Notion de travail sous environnement Unix.
Connaissances en biologie souhaités :
- Notion de bases en biochimie et biologie moléculaire.
- Notion de bases en génomique/transcriptomique.
Profil recherché :
- Bon sens relationnel, communication aisée.
- Rigueur dans la gestion des données.
- Maitrise indispensable de l’anglais ou de l’allemand.