Stage Master

Le séquençage haut-débit d’un grand nombre de gènes candidats voire de l’ensemble des régions codantes du génome (séquençage d’exome) représente une avancée considérable pour le diagnostic moléculaire des maladies génétiques monogéniques à forte hétérogénéité génétique, comme la déficience intellectuelle, les myopathies, ou les rétinopathies. Le diagnostic des maladies hétérogènes se fait actuellement en routine par séquençage de panels de plusieurs centaines de gènes, avec un coût réduit et un temps d’analyse raisonnable. Mais même lorsqu’il s’agit de séquençage d’un nombre limité de gènes, l’interprétation biologique de la pathogénicité du grand nombre de variations identifiées reste difficile. Si les outils de prédictions de l’effet sur la protéine ainsi que l’analyse des bases de données peuvent éclairer sur le caractère pathogène ou non d’un tel variant, l’interprétation repose souvent sur la ségrégation du variant dans la famille : absence de la variation chez les parents non atteints (variation de novo) pour les gènes impliqués dans des formes autosomiques dominantes ou présence des variations en trans (transmises par chacun des parents) pour les gènes impliqués dans des formes autosomiques récessives. Cette analyse de ségrégation est classiquement réalisée par séquençage Sanger dans les laboratoires de diagnostic, ce qui ajoute un coût et un délai pour le rendu des résultats de séquençage. De manière à se soustraire à cette contrainte, mais également de pouvoir révéler des mutations de novo non-évidentes dont la ségrégation n’aurait pas été testée, nous avons développé une approche de séquençage de l’ADN parental, mais par pool (14 ADN par librairie de séquençage) pour limiter le surcoût. La présence de chaque variation peut donc être analysée en simultanée chez les parents du patient. Ce séquençage de l’ADN parental en pool a été réalisé pour 600 patients avec déficience intellectuelle. Le but du stage est d’améliorer et d’automatiser la détection de la présence des variants chez les parents et d’analyser la représentatitivité de l’ensemble des variants rares dans les pools de parents en fonction de la profondeur de couverture. L’étudiant s’intéressera à simuler quelle représentativité et quelle profondeur minimale sont nécessaires pour conclure au caractère de novo d’un variant rare. Il réanalysera également l’ensemble des 600 patients pour identifier d’éventuelles mutations de novo qui n’auraient pas été détectées au cours de l’analyse classique.
Encadrement génétique: B Gerard (HUS) / A Piton (HUS/IGBMC)
Encadrement bioinformatique : J Muller (HUS/INSERMU1112)