Stage Master

Contexte :
Les grandes quantités de données générées par les différents « omics » (génomique, transcriptomique, protéomique…) ont fait pénétrer la biologie dans l’ère du « Big Data ». Outre l’apport de vastes quantités de données diverses, faiblement redondantes et très hétérogènes, ces nouvelles biotechnologies ont révélé l’importance des réseaux dans le vivant et les besoins en approches intégratives susceptibles de combiner les différents niveaux d’étude.
Dans ce contexte de biologie à haut débit, le cil est un objet d’étude très intéressant car c’est une organelle complexe réunissant plusieurs milliers de protéines et présente sur la plupart des cellules eucaryotes. Il est impliqué dans des fonctions très diverses, d’où le grand nombre de maladies différentes découlant du dysfonctionnement de ce cil.
Projet :
L’objectif du stage sera de caractériser des gènes impliqués dans le cil en se basant sur une approche bioinformatique orientée réseaux biologiques.
L’étudiant disposera comme point de départ de 2 listes de gènes ciliaires connus ou prédits : une première d’environ 10 000 gènes et une seconde plus stringente d’environ 4 000 gènes. Cette sélection de gènes s’appuie sur une étude intégrative de plusieurs dizaines d’expériences de différents omics.
L’étudiant se familiarisera avec les outils de visualisation et d’analyse des réseaux. Il s’appuiera également sur OCEAN, un site web développé au CSTB pour clustériser, éditer et analyser les réseaux de gènes dans le contexte des questions biologiques. Il élaborera différents types de réseau à partir des gènes cités ci-dessus et des différentes données omics. Il explorera, testera différentes méthodes pour analyser ces réseaux, prioriser les gènes de ces réseaux et prédire de nouveaux gènes ou sous-réseaux d’intérêt. S’appuyant sur ces résultats, il mettra en place des protocoles d’analyse pour l’exploitation des réseaux applicables à d’autres études.