Stage Master

L’analyse protéomique est une application récente de la spectrométrie de masse. Elle consiste à identifier et quantifier l’ensemble des protéines contenues dans un échantillon biologique. A ce titre, cette approche se présente dans la continuité des analyses génomique et transcriptomique. Après enregistrement des spectres de masse, un traitement des données en deux volets, une partie d’identification et une partie de quantification, permet de comparer les protéines présentes dans différents échantillons. Dans ce contexte en pleine évolution, il existe plusieurs logiciels pour l’identification et la quantification des protéines.
Le stage consistera à produire un extrait protéique de référence puis de l’analyser par spectrométrie de masse. Les données seront ensuite analysées indépendamment par différents logiciels à disposition au laboratoire: Proteome Discoverer, MaxQuant, MassChroQ et Progenesis. La comparaison d’un point de vue qualitative (nombre de peptides et protéines identifies) et d’un point de vue quantitative devra permettre de dégager les points positifs et négatifs de chaque logiciel dans une perspective d’utilisation quotidienne. Les résultats seront vérifiés avec des échantillons du service et un manuel d’utilisation sera rédigé.
L’étudiant sélectionné bénéficiera d’une formation théorique et pratique en spectrométrie de masse. Il effectuera son stage au sein de la plateforme de protéomique de l’IGBMC sous l’encadrement du bioinformaticien de la plateforme.