Stage Master

Le complexe SWI/SNF est un assemblage multi-protéique de 1,1MDa utilisant l'énergie de l’ATP pour remodeler la structure de la chromatine. SWI/SNF déstabilise l'interaction de l'octamère d'histone avec l'hélice de l'ADN. Cette fonction permet aux nucléosomes d'être mis en phase par rapport à leurs voisins, d'être repositionnés, échangés ou évincés à partir de séquences d'ADN régulatrices clés. Ces effets régulent l'accès des complexes moléculaires à des séquences d'ADN spécifiques, modulant ainsi la transcription, la réplication et la réparation de l'ADN.
L’objectif du stage est de déterminer un modèle structural à haute résolution du complexe de levure SWI/SNF par cryo microscopie électronique de particules isolées. Les données structurelles actuellement disponibles sur l'ensemble du complexe SWI / SNF ne sont pas d'une résolution suffisamment élevée pour produire une description à l'échelle moléculaire du complexe et pour positionner les sous-unités individuelles. Les interfaces fonctionnelles avec le nucléosome sont mal caractérisées et aucune donnée structurale n'est disponible pour les sites de liaison aux activateurs transcriptionnels. Enfin, aucune information structurelle n'est disponible sur les intermédiaires de remodelage pour comprendre le mécanisme d'action du complexe SWI / SNF et la façon dont le nucléosome est modifié.
Nous avons développé un nouveau système de purification pour les grands complexes nucléaires de faible abondance en exploitant la capacité de la levure Pichia pastoris d'atteindre des densités cellulaires élevées. Nous avons déjà construit des souches avec des sous-unités endogènes étiquetées et savons produire ~ 100 ug de complexe SWI/SNF homogène et stable à partir de seulement 2L de culture cellulaire. En outre, l'expertise dans la préparation des spécimens facilite également la production de complexes fonctionnels de SWI / SNF avec des activateurs transcriptionnels et des nucléosomes.