Stage Master
Responsable de l'équipe d'accueil
ROGNAN
Didier
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0368854235
Personne encadrant le stage
ROGNAN
Didier
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Lieu du stage
Laboratoire d'Innovation Thérapeutique
UMR7200 CNRS-Université de Strasbourg
Faculté de Pharmacie
74 route du Rhin
67400 Illkirch
UMR7200 CNRS-Université de Strasbourg
Faculté de Pharmacie
74 route du Rhin
67400 Illkirch
Sujet du stage
Alignement de sites de liaison protéine-ligand par superposition de nuages de points
La comparaison à haut débit de sites de liaisons (protéine-ligand, protéine-protéine) implique un alignement structural, facile à réaliser pour des sites de liaisons très similaires (ex: site ATP d'une protéine kinase) mais plus difficile en cas de similarité locale.
Nous souhaitons appliquer des algorithmes utilisés dans le monde du traitement de l'image (ex: iterative closest point algorithm) à la superposition d'objets moléculaires tridimensionnels (ex: protéines, site de liaisons) afin de les comparer à des outils classiquement utilisés en bioinformatique structurale (ex:alignement de graphes par détection de clique).
Le (la) candida(e) devra posséder de bonnes notions de programmation (python, C++)
Nous souhaitons appliquer des algorithmes utilisés dans le monde du traitement de l'image (ex: iterative closest point algorithm) à la superposition d'objets moléculaires tridimensionnels (ex: protéines, site de liaisons) afin de les comparer à des outils classiquement utilisés en bioinformatique structurale (ex:alignement de graphes par détection de clique).
Le (la) candida(e) devra posséder de bonnes notions de programmation (python, C++)
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