A l’issue du master, les étudiants peuvent, soit poursuivre leur formation par une thèse de doctorat, soit entrer dans le marché du travail.

Un bilan détaillé est disponible sur la période 2012-2016 sur le devenir des étudiants.

Pour les étudiants issus de la dernière habilitation (parcours biologie structurale et bioinformatique), environ 1/3 (de 30 à 40%) des étudiants se sont inscrits dans une école doctorale et environ 2/3 (de 60 à 70%) ont intégré le marché du travail.

La thèse de doctorat permet par la suite de postuler pour des fonctions dans l'enseignement supérieur, la recherche (privé ou public) ou des fonctions de cadres impliqués dans la gestion ou le soutien de la recherche.

Pour les étudiants intégrant le marché du travail à la sortie du master, l'insertion professionnelle se répartit pour moitié dans le privé et pour moitié dans le domaine public. Les étudiants sont recrutés sur des postes d'ingénieurs d'études dans divers domaines tout au long du "pipeline" de développement d’un médicament dans des startups ou entreprises du domaine de la biologie ou des biotechnologies. Les étudiants ayant acquis une formation plus poussée en informatique, sont recrutés en tant que bio-informaticien ou gestionnaire de données (ressources logicielles, informatique).